商毅带领着人马从杭州出发，沿路都可以看见来往不绝的民夫车辆，都装载着各种各样的物资，排着长长的队伍。虽然跟队押运的军队并不多，但秩序井然，并没有出现混乱的局面。
而且几乎所有的在许多车辆上都插着各种颜色的旗帜，或者贴着标语，写着“恢复中华、驱逐鞑虏”，“收复南京，打败满清”等字语。沿途还有不少年轻人在大声鼓励民夫们努力，把物资尽快送到前线去，为抗击清军，保卫家园贡献自己的一份力量。
看到这些情景，也让商毅十分满意，看来宣传组织工作确实做得十分到位。
三天之后，商毅的一行人马到达南京外城的小安徳门附近，成进的第一军己经在这里扎下了大营。这时其他各路人马也都基本到达了自己的阵地。
南京分内外两城，内城才是真正的南京城区，城墙都是用米汤、蛋清调灰烧制的青砖砌成，高大宽厚。而外城实际是一道不高的土围墙，而且连续长达一百余里。
这时清军在南京城中的总兵力约有九万左右，其中满旗和三大营的人马约有两万余人，汉军和绿营约有二万六七千人，其余全是其他降军。主要的将领有：屯齐、鳌拜、满达海、刘之源，李思忠、士彦、郝效忠等人。另外有各种火炮二百七十余门，火铳一万余杆，霹雳火箭六百余简，震天雷六千多个。
自从商家军对南京地区的合围完成之后，多铎也知道大势不妙，于是也在南京城内开始布置准备守城的计划，虽然说清军的兵力确实不算少了，但南京的地区实在太大，而城墙又太长，清军的兵力仍嫌不足，根本不可能把防线扩大到外城一线，因此多铎也决定把南京的外城全都放弃，把防线布置在内城和内城的外围地区，集中兵力驻守。
清军占领南京时，南京城里的居民只有七八万，经过了近一年的时间发展之后，现在南京城里的居民也已经接近到二十万，虽然离正常时期还相差甚远，但也恢复了几分元气。而这时多铎也下令在南京城内实行军管，所有人员一率听从清军调度，所有粮食、财产、物资也全都交出来，由军队统一分配，违令者立斩。
为了弥补清军的兵力不足，多铎首先下令将城中的居民十五岁以上，四十五岁以下的男子全部都编组成军，一下子就扩充了近五万人，发给武器，进行短期训练，平时付责修筑工事，在商家军进攻时，也要全都参加战斗。同时也把年轻妇女都组织起来，付责做饭洗衣照顾伤员等后勤事务。
同时多铎虽然没有勇气放商家军放进城里来打巷战，但对南京的防守也布下了三道防线，第一道是在南京的城墙外，依托城外的山河湖泊布置，主要集中在二湖二山一坛，二湖是指莫愁湖和玄武湖、二山是指神烈山和聚宝山，一坛是指东南角的天坛。
多铎下令，由郝效忠守聚宝山；李思忠守莫愁湖、佟岱守神烈山、土国宝守玄武湖、夏成德守天坛、在这五处驻点都派驻了一万人马，另有五千民兵驻守，不过人马中只有满汉军各一千五百人，其余全是降军，当秸其中包括有三十门火炮，一千支火铳等武器。并且修筑了大量的防御工事。
第二道防线就是南京的城墙，这也是多铎寄于了厚望的一道防线。
而第三道防线是在南京城内的皇宫，同时也在南京城内的各条河流边上，主要的街道上也都修筑防线，准备等商家军攻入南京城里之后，一面守卫皇城，一面和商家军进行巷城。这一点多铎到是参考了不少在十个月以前，商家军守南京时的做法。
多铎的且地是首先利用降军和民兵在城外消耗商家军的兵力，并且拖延时间，而将最精锐的满汉旗主力军留在城内驻守，争取坚持到援军赶来。按多铎的预计，如果有援军的话，在一个月左右的时间，应该是能够赶到南京来的，因此多铎分派的计划是每一道防线都要守住十天，加起来也就是一个月。要是一个月之后还不见援军，那就只好殉城而亡了，反正到了这一步，多铎也做好了最坏的打算。
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由于这时南京城里实行了军管，一度恢复了几分往日繁华的秦淮河也再度冷清起来，开张了几个月的酒楼妓院也全都关了门，伙计都被编入军队，准备参加战斗，而妓女们也都全被监管起来，付责后勤事务，当然年轻貌美的都被有头有脸的将领拉回去暖床。
虽然紫明楼有墨经纬和紫玲珑罩着，到是逃过了被清军征调的命运，不过这个时候显然已经无法再继续营业下去了，因此也关张停业了。除了摩门的弟子以外，其他人也都被遣散回家。好在是楼里到是积攒了不少食物和酒，还能够保证几个月的生话。
这时墨经纬和紫玲珑坐在楼上，看着己经空无一舟的秦淮河，也不禁生出了颇多的感慨来。墨经纬苦笑了一声，道：“想不到只用了不到一年的时间，商毅竟然就能够把南京又夺回去，而且居然能够想出从海上突袭辽东、京津之地的方法来调动清军，实在是……实在是……”
紫玲珑到是少有的没有和墨经纬抬扛，道：“也许从他撤出南京的那一刻起，就己经布置好了今天的一切，这十个月以来不过是一步一步的实现而己。”顿了一顿，又道：“你认为会有援军来吗？”
墨经纬苦笑了一声，道：“虽然我很想说会有援军，但这种可能性并不大，尚可喜早就和清廷产生了嫌隙，而且他现在己经占领了广东之地，绝不会轻易放弃，没有了尚可喜，金声桓和觉罗巴哈纳最多也不过五六万人马，想来救援南京，根本就不可能。要知道商毅最善于打围占打援的战斗。”顿了一顿，他又道：“何况援军赶来，大约需要一个月左右的时间，我看多铎绝对坚持不了这么长的时间。”
紫玲珑道：“你认为多铎能够坚持多久呢？”
墨经纬道：“依我看，多铎能够坚持到十天，就己经是奇迹了。”
紫玲珑怔了一怔，道：“我到没有想到，你这么不看好清军。”
墨经纬看了她一眼，淡淡道：“我说过，我决不会再低估商毅了。”
紫玲珑叹了一口气，道：“难到商毅真的是二师叔所说的，可以改变天运的人吗？”
墨经纬淡淡道：“不管他是不是，我都不会改我的目标。”
紫玲珑没有把这个话题再继续下去，又道：“既然南京铁定守不住了，那么你为什么还要留在南京呢？”
墨经纬笑道：“你这话问得到是奇怪，你现在不是也留在南京吗？总不会以为瑶瑱还会念在过去的情份上保护你吧？”
紫玲珑微微一笑，道：“难道说我自已就保护不了自己吗？南京这么大，我们来刲这里潜伏也有好几年了，光是我公开的身份就有三个。要想躲起来，不被商毅找到，还是不难做到吧。我留在这里，是想看一看商毅占领了南京之后，到底还有什么施政的手段，现在我们需要全面了解商毅。但我们在浙江的人手到底还是太少，虽然打听到一些，但还远远做得不够，所以我想留在南京，亲自了解一下。”
顿了一顿，又道：“另外南京虽然失守，但对我们来说，却未必不是一个机会，因为商毅在浙江防范得太严了，我们很难插得进手去，而现在就在南京开始布置，等商毅占领了南京之后，正好把我们也一并接收过去，而且我们还可以借机打入浙江，以后也就更好行事了，这样好的机会，我当然不会放过了。那么你呢？又是为了什么？”
墨经纬哈哈一笑，道：“英雄所见略同，我要留下来，和你的目地差不多，既然你们能够在南京隐藏起来，不被商毅知道，也不再乎多我一个人吧。”
紫玲珑道：“多你一个到是没什么？只要你老实配合也就成了。不过你的目地和我们差不多，那么就是还有一点点区别的，那么……”她的眼睛忽然闪出了一道精光，道：“我明白了，原来你是抱着这个目地才要留在南京的。”
墨经纬点了点头，道：“既然你猜出来了，我也不否认，那么你是否同意呢？”
紫玲珑笑道：“我为什么不同意，反正你成功失败也不关我的事。但你留下来到是可以，不过一切行动都必须听我安排，当然你放心，我一定为帮你寻找机会，创造条件，只是没有我同意，不许私自进行。因为我不能因为你的行动，把我们会都暴露出来。”
墨经纬又点点头，道：“这是当然，如果没有你们的帮助，我也不可能成功，所以我一定听从你的安排，绝不会私自行劫。”
紫玲珑道：“还算你眀白。不过紫明楼早就暴露了，因此明天我就开始撤离这里，换一种身伤。”
