消灭了卢兴邦这股最大的土匪，整个闽东南为之一靖，参与叛乱的其他势力见机不妙，纷纷缴械投降，正在观望的也偃旗息鼓，不敢再做他想。而一些作恶多端的土匪自知罪责难逃，投降也可能也不免一死，只好潜逃至和红军接壤的偏远地区苟延残喘，腿脚稍慢的被独立旅以雷霆万钧之势包围歼灭。十九路军各部用一个多月的时间彻底肃清了防区内的叛乱，同时把一些长期割据的地方势力连根拔起，真正做到政令统一。其中担负主要任务的独立旅共进行大小战斗一百多次，毙伤叛军两千余人，俘虏五千多人，缴获了大批武器、弹药、粮食和财物，而自身只阵亡三十余人，负伤两百多人。尽管历次战斗独立旅在火力和兵力上都拥有压倒性的优势，但是没有一次失败的结果还是让孙百里非常高兴：自己一手训练的军队终于有了一定的战斗力，尤其是拼刺技术有了长足的进步，面对土匪的大刀长矛时总是占尽上风，相信要不了多久就能达到和日军比肩的地步。孙百里在内心深处有些感谢这些土匪，如果不是他们发动叛乱，自己就没有机会检验部队的战斗力，对于一支新成立的军队，第一次战斗是至关重要的，因为它会直接影响到官兵的自信心的建立，通过相对弱小的对手来确立自信，逐步成长起来，最后才能毫不惧怕地面对任何强敌！
十九路军总部对独立旅在平叛行动中的表现给与了充分的肯定，通令全军嘉奖的同时，还拨出专门的款项犒赏官兵，蔡廷锴私下里也对孙百里大为褒扬，全旅上下在喜气洋洋的气氛下度过了一九三二年的最后几天，迎来新的一年。
然而，新年刚过，孙百里就遇到一个极为头痛的问题：那些拘押在漳州的俘虏不知道该如何处理。总数超过五千的俘虏，经过甄别后留下四千多罪不致死的小喽啰，经过教育改造后，一些愿意回乡务农同时又有家可回的相继离开，还剩下两千余人无法安置。如果对这些人放任自流，必然又是威胁社会安定的重大隐患，继续关押起来的话，不但要长期占用两个连的兵力，养活两千名壮汉也是不小的负担。钟武曾经建议把这些人直接编成一个团，作为独立旅的补充兵力，但是孙百里深知不能再扩编部队了！自己加入十九路军不到半年就被破格提拔，连升几级当了旅长，已经有人对此颇有微词，如果再扩编两千人，独立旅的规模就会完全和其他几个师相差无几。十九路军毕竟不是蔡廷锴的私人军队，他也要平衡部下之间的关系！冥思苦想了几天之后，孙百里依然无计可施，只好去找杜周南求助。
杜周南听他说完之后，语气轻松地说：“我还以为是多大的事，居然把你这个堂堂行署专员难成这样！”
孙百里喜出望外地问：“你有什么好办法？”
杜周南不紧不慢地说：“可以把这些人组织起来，依旧按照军队的编制搞成一个团，然后购买一些工程设备，专门修桥铺路，建设厂房，当然也可以配合工兵部队参与构筑工事，不过同样要收费，对外就叫工程公司。这样他们既能自食其力，又不会威胁治安。没事的时候就和军队一起进行军事训练，这些人都是老油条，上战场肯定比你的新兵适应起来要快得多。”
孙百里想了想说：“这倒是个好办法，只是经费怎么办？哪来钱买设备？”
杜周南说：“你们平叛中缴获的财物都交到财政厅，可是军部并没有说如何处理，我们干脆就用这笔钱买设备好了！我正准备买几十辆汽车给盐场用呢，没想到你就把钱送来了，真要多谢你！”
孙百里点头同意，说：“就这样办了！那些缴获的枪支，军部也同样没有提及，不妨挑一部份好的给这些工程兵，其余的再上缴军部。”
第二天，工程公司正式挂牌营业，孙百里安排一个名叫张伯长的连长担任总经理，这个人由于在平叛战斗中致残，无法继续留在军队的。然后从各地的保安团当中挑选一批精干人员作为中层干部，把公司牢牢控制住。由于保安团和俘虏都是福建本地人，很快就打成一片，本来以为必死无疑的土匪，发现不但幸免于难，还有了份工作，也非常高兴，开始慢慢适应自己的新身份。
随着军政学校的学员一期接一期地毕业，整个闽东南的基层干部都换成支持新政策的人，十九路军在这里慢慢扎下了跟。孙百里一边监督军队的训练，整训军官，一边安排工程公司整修连接各县之间的道路，改善地方的交通状况，使内陆地区的农产品和其他各种物资能够顺利地运送到沿海港口，而漳州等城市的工业品和盐巴叶源源不断地输送到内陆，整个闽东南在孙百里和杜周南的锐意经营下呈现欣欣向荣的景象。从发展当中得到实惠的当地人对十九路军的态度从排斥、不信任到支持，发生了一百八十度的转变，使经济的快速发展成为可能。
然而，一九三二年四月，随着对红军第四次围剿的失败，中央军各部纷纷撤出红军控制区，准备下一次的围剿，腾出手来的红军迅速移师东下，准备全力解决十九路军。闽西前线所受到的压力一下增大了许多，于是几个师长纷纷要求独立旅增援前线，但是最后却无一例外地都被军部严辞拒绝，因为此时十九路军的内部发生了巨大变化。
五月中旬的一天，蔡廷锴突然带着几名参谋不期而至，虽然表面上说是来视察漳州的防务，同时检验独立旅的训练成果，孙百里从他那紧锁的眉头看出，事情绝非如此，果然，当晚孙百里被专门请到蔡廷锴在漳州的临时官邸。孙百里一进门就发觉气氛有点非同寻常，偌大的会客室只有蔡廷锴独自坐在中间的太师椅上，灯光把他消瘦的身影投在光洁的地板上，显得有些孤独，而陪同前来的参谋都不见踪影。
敬礼之后蔡廷锴让孙百里坐下，用很随意的语气问：“百里，现在独立旅情况怎么样？”
孙百里回答道：“部队已经按照德国陆军旅的编制扩编完成，在兵力上已经接近国内步兵师的编制，如果配备的重型火炮全部到位的话，火力会远远超过普通的步兵师。虽然独立旅成立的时间不长，但是通过在平叛行动中得表现来看，还是具有一定的战斗力，虽然比日本军队还有一定的差距，但是绝不会弱与国内的任何一支军队！如果再训练上半年左右的话，完全可以塑造成一支劲旅。”
蔡廷锴点了点头，说：“可惜时不待我呀！这样的部队还是太少了！”然后语气沉重地说：“老长官（陈铭枢）已经于日前抵闽，决定十九路军和两广联合起来成立一个新政府，以反共反蒋和抗日作为政治纲领。我和光鼎苦劝良久都说服不了他，最后反被痛骂一顿，说我们贪图荣华富贵，忘记了革命的精神，还说，我们要是不同意他的计划，就把他直接送给蒋介石来换取高官厚禄！现在和广西的陆路联系还没有打通，广东的陈济棠又是个墙头草，又反共又反蒋，等蒋介石全力对付我们时，谁会对十九路军实施以援手？最后还不是一样孤军奋战！”
孙百里大惊失色，连忙说：“现在前线的军队都损失惨重，独立旅虽然齐装满员，但是毕竟只有七八千人，改变不了大局呀！并且两面作战，是兵家大忌呀！老长官久不在军中，不了解情况，可万万不能听他瞎指挥，事关十九路军几万弟兄的性命，一定要慎重！”
蔡廷锴惨然一笑：“老长官已经是一意孤行，再劝下去就要和我们反脸了！所谓‘士为知己者死’，我和光鼎商量好了，决心舍命陪君子！”说着脸上显出决然之色，说：“我们是知其不可而为之，所谓谋事在人成事在天嘛！但是一旦通电反蒋，漳州是我军仓库所在，又背靠大海，最容易遭到攻击，你的担子也非常重啊！希望你能守住这里，让十九路军有一条逃生之路，最不济也要保住老长官的性命！”
孙百里感到心中一阵悲愤，想：你们要士为知己者死，要舍命陪君子，却赌上十九路军几万将士的身家性命和福建民众的前途，是不是太自私了？
蔡廷锴见孙百里良久不语，感慨地说：“我知道这个任务非常艰巨，但是实在找不到更合适的人选，老弟只有勉为其难了！唉，这些师长旅长们真是让人失望，态度模棱两可，总是不愿意明确表态，使老长官错以为同意他的意见，才执意如此。”
孙百里此时决心一定，既然无力改变这个决定，就尽自己微薄的力量来保全闽东南，尽量使民众不再受刀兵之苦，语气坚定地说：“请兄长放心，独立旅誓死守护漳州，绝不让敌人踏入我的防区一步！”
见孙百里终于表态，蔡廷锴非常高兴，勉励道：“我相信你的能力！现在当务之急是扩充军队，争取在最短的时间内再编练一个旅！武器装备不足的部分直接找军需处，我们没有的就从国外购买，不用担心经费！”
孙百里连忙说：“现在我们缺少的主要是大口径火炮，需要大量进口。部队现在已经接近步兵师的规模，盲目扩编的话军官的数量就会严重不足，这样仓促组建的部队很难指望有多大战斗力，还不如直接把各地的保安团整编起效果好。”
蔡廷锴毫不在意地说：“这些事情你就自己决定吧，不过速度一定要快！老长官已经启程前往两广商讨合作事宜，所以时间非常紧迫！”他来漳州的主要目的已经达到，就不愿意再探讨什么细节问题了。
孙百里见机起身告辞，寒暄几句后，蔡廷锴亲自把他送到门口。这时候夜已深沉，偌大的漳州城在星星点点地灯火映照下显得格外宁静，睡梦中的人们怎么也想不到，不久的将来又要面对战争的威胁，短暂的和平生活行将结束！
