荷兰与印尼共和国的政治会谈宣告失败后，荷兰执政的工党政府受到压力并准备作出让步。一九四六月一月底，英国政府面临着在印度掀起的一个运动，该运动反对印度军队的士兵被雇用去参加印度人认为是对亚洲国家的民族主义运动的镇压，英国只得与荷兰政府的代表进行磋商。
会谈最后决定，英国当局承担进一步努力营救俘虏和被拘留者，并为荷兰人和印度尼西亚人之间进行谈判创造条件，而荷兰人则同意奉行一项促进他们和印尼检和派相互谅解的政策。
同时，联合国安全理事会也就印尼问题展开了辩论。共和派领导人除了向印度和锡兰呼吁支持外，还请求斯大林进行调解。一九四六年二月七日，乌克兰代表团团长提议派遣联合国的一个专门委员会对当地局势进行调查，并重建和平秩序。二月十日，维辛斯基代表苏联参加讨论，支持乌克兰代表。但经过三天的进一步辩论，乌克兰的动议没有得到足够的票数，因此未获通过。
而印尼共和派内部也出现了分歧，以沙里尔为首的内阁主张与英、荷两国举行谈判，避免武装冲突。但社会舆论对沙里尔内阁多表不满。反对派积极活动，由三十四个政治组织的代表在中爪哇日惹集会，决议成立人民阵线。随后，在中爪哇梭罗市举行了人民阵线第二次会议，人民阵线改称为印度尼西亚斗争联盟，要求以荷兰承认印尼独立为谈判前提，并要求立即改组内阁。
沙里尔内阁既受到国内一些政治力量的反对，同英、荷当局的谈判又毫无进展，只好提出辞呈。但苏加诺和哈达仍然支持沙里尔内阁坚持谈判、避免武装冲突的路线，授命沙里尔组织联合内阁，扩大内阁的政治基础。经过权力的重新分配，第二届沙里尔内阁使各派政治势力暂时取得了平衡。
一九四六年三月十三日，在英国主持下，荷兰与印尼共和派再次举行了谈判。荷兰人宣布，经过一段准备时期后，印尼人可以自由决定他们的政治前途，在准备期间将建立一个处于荷兰主权下的印度尼西亚联邦共和国。英国一方面支持荷兰同印尼独立派谈判，一方面利用南洋国军队替换下来的部队继续扩大占领印尼共和国在爪哇的势力范围，为荷兰人开路，并增强荷兰在谈判中的地位。
到一九四六年五月份，荷兰的军队已经达到了五万人，英国军队开始逐步撤出，由荷兰军队接管英军占领区。到了七月份，荷兰军队的总数达到了七万人，盟军东南亚战区司令部把所占据的原荷属东印度领土完全移交给了荷兰政府。
这样，除了南洋国实际控制的婆罗洲和苏门答腊，以及印尼共和派控制的爪哇和马都拉以外，荷兰人在东印度群岛其他地区都负起了军事责任。但在爪哇荷兰人只占据着些大城市作为桥头堡，即便在其他岛屿，也经常发生敌对行动；在爪哇，更是几乎每天都出现同共和派游击队的零星冲突。
七月十六日，荷兰派来的副总督范默克在望加锡附近的马利诺召开一个大会，由来自婆罗洲、苏门答腊、西里伯斯、摩鹿加群岛、小巽他群岛等地的代表参加。爪哇和马都拉被排除在被邀请名单之外，理由是那些岛上的局势使人们不可能自由地表达他们的意愿。
范穆克这次行动的幕后意图是要建立一个敌对组织，以便使人看来印度尼西亚共和国不是印度尼西亚民族主义唯一的代表。马利诺会议主张建立一个联邦国家，取名为“印度尼西亚合众国”，由四个成员国组成，即爪哇、苏门答腊、婆罗洲和大东（即西里伯斯、摩鹿加群岛和小巽他群岛）。印度尼西亚合众国“为建立政府机构，还需要有一段同荷兰王国合作的时期，如果没有这样一个阶段，印度尼西亚合众国就不可能就荷兰和印尼未来的关系应在什么基础上继续发展这一问题作出一个自由和独立的决议。”
马利诺会议以后不久，沙里尔重新行使其共和国总理的职权。这时为了吸收一些马斯友美党的成员进入共和国内阁，内阁进行了改组。虽然马斯友美党人的加入，毫无疑问是有利于共和国的统一事业的，但是他们反对荷兰的倾向，对同荷兰政府达成协议来说，却是一个新阻碍。再则，荷兰与印度尼西亚武装部队在爪哇继续发生摩擦，为了报复“盟军的进攻行动”，印度尼西亚共和国停止了对被拘留者的撤退工作。
此时，南洋国联合中国政府对印尼共和国设立集中营，关押其占领区的华人提出了严正抗议，南洋国更是厉兵秣马，派出舰队炮轰八马兰以作威慑。
半年多的时间，南洋国一面巩固苏门答腊的势力，一边扩军备战，加紧训练。南洋国舰队虽然都是些旧舰，但在与荷兰人和印尼人的抗衡中，却是一支强大的力量。海军陆战队一师、二师的成立，终于使海军独立于陆军分离出来，而紧接着是空军的分离。
印尼共和国请求斯大林调停，这触动了美国敏感的神经，战后美苏的第一个角力悄然展开。战后，日本人为准备本土决战的飞机本来已经全部拆除了推进器，排列在机场等待拆解回炉，但现在又被秘密运到了南洋国重新组装修理。
寥内群岛的土地置换工作完成了，南洋国付出了占碑省的大片土地，使寥内省，不，应该说是寥内邦感到很满意。却不知南洋国占据寥内群岛后，与美国人签署了秘密协议，将巴淡和加里梦租借出去，从而得到了美国人的大批援助。
美国人不傻，碍于盟国的面子为荷兰人提供武器，但对荷兰人能否控制东印度群岛的局势却抱有深深的怀疑。而在战后，充满勃勃生机、闷头大发财的南洋国看起来，更有成为东印度群岛霸主的希望。
