清军的火船将商家军的先锋船队冲乱之后，继续顺着江水，向商家军后面的三支舰队逼进了过去。
清军一共出动了五十多组连环船，己经点燃的超过了四十组，而先锋舰队的大部份战船都被清军的火船撞上，蔓延上了火焰，燃烧起来，只有四五条船依靠着出色的操船技术，加上一点运气，才避开了火船的袭击。而且就这样，还有一暧驱逐舰和一艘护卫船因为躲避火船，结果在靠近江滩边的地方搁浅了。
而这火船撞上的其他战船中，有一部份虽然蔓延上火势，但却及时摆脱了火船，一面向安全的地方撤离，一面扑打着船上的大火。但至少有十余艘战船或者因为被火船缠住，或者因为火势太大，而无法扑救，同时因为火势一直蔓延到甲板下，火药仓里，引发了一连串大爆炸，船上幸存的士兵也只能弃船跳江逃亡。
不过有一些火船在燃烧之后，铁锁断裂，分散开来，也有一部份火船遭到商家军战船的近距离炮击，或者是受爆烂的冲击，被打得散了架，但因为都是木质结果，因此还能够一边燃烧着一边在江面上飘浮，并且顺着江流，向下游飘流。不少火船冲过了先锋舰队之后，立刻就顺着江流，直奔后面的船队而去。
商家军后面的三支船队和先锋船队的距离并不远，几乎没有多少时间做出反击，就和火船迎头相遇。面对着这样大面积大范围的火船进攻，除了躲闪和撤退之后，基本上没有别的办法，因为火船并不害怕受到攻击。如果是在大海上，还可以利用海面的无限宽度，充分散开，以躲避火船，但在长江里，回旋的空间实在有限。因此在这种情况下，黄震也只能下令，各船暂时撤退，先躲开火船再说。
而在商家军的后队中，只有少数前列的战船因为没有转向的时间，只能迎着火船而上，在火船阵里来回的穿棱变向躲闪，再来慢慢寻找转向的时机，而后面的绝大多数多战船都立刻选择了调头、撤退。
但也不是每一艘船都能选择好转向的时机，或者说也不容他们有充足的时机来从容转向，有时候只能冒一冒险了，因此在调头的过程中，又有不少战船被火船撞上，缠住，结果被火势蔓延燃烧了起来。就连黄震乘坐的旗舰天权号，也在转向的时候，被火船撞了两下。好在是天权号的体形庞大，而且撞上天权号的，并不是连环船，才极时摆脱，没有被火船缠住。终于调转过头来，向下游退去。
而在江面上几乎布满了燃烧着得战船，残骸、以及碎裂的板块，烧燋了的，还在冒着浓厚的烟雾，星星点点，不计其数。还有无数弃船跳江的士兵，在汹涌的江水中奋力挣扎着。
幸好是天威号向清军的后续船队发动的冲锋，以一己之力，把清军后续的百余战船搅得一团混乱，在无意之间，延缓清军后续船队跟进上来的速度，也为商家军的其他穿突过火船攻击的其他战船赢得一线宝贵的时间。
在天威号从清军的后续船队中杀了出来，开始向下游撤退的过程中，有十佘艘商家军的其他战船都穿过了火船，正在准备调头回撤。而何滨也立刻下令，向他们打出旗语，把这些战船都聚陇过来，组成好编队，大家一齐掩护撤退。因为天威号是长江舰队中仅有的两艘巡洋舰之一，在另一艘巡洋舰天权号己经撤离的情况下，其他的战船自然都是以天威号为核心。
而且在舰队撤退的过程中，还救起许多落水救生的士兵。只是有几艘在江滩也搁浅的战船，现在也没空把它们都拉回到江中，何滨也只得下令让这些战船上的士兵弃船，乘坐救生船逃离。靠近江北岸的，可以先上岸躲避，因为北岸是扬州府，这是商家军的地盘，但长江南岸是镇江府，因此靠南的士兵只能尽力向大船靠陇过来，跟着大船一起撤退。不过在弃船的时候，有几艘船上的士兵还是点燃了火药库，将空船炸毁。
等清军的战船重新整好了队形之后，商家军的战船，连同火船早己经跑远了。因为这时商家军的战船也是顺水，清军很难追上。而且火船现在也都烧得差不多了，再追下去，就进入了商家军控制的长江段，如果商家军再回头进攻，恐怕也不好对付，因此洪承畴也没有下令追赶。
不过刚才商家军一艘战船就把清军一百多艘战船搅了一个天翻地覆，清军都觉得脸上无光，因此也都有些提不起精神来。而洪承畴也都看在眼里，也从座椅上站了起来，笑道：“各位看见没有，商家军的水军己经被我们打败了，逃走了，我们已经获胜了。”
他身边的一个家人洪保十分机灵，立刻接话道：“大帅南下第一战，就大败商家军的水师，可喜可贺，此番南下督军，进取浙江，扫平南方，也是指日可待了。”
洪保这么一说，洪承畴身边的水军统领刘梦蛟也赶忙道：“大帅神机秒算，大破商家军的水师，我等都佩服之极。”
有一员将立刻振臂高呼道：“我们打蠃了。打赢了。”
其他的士兵们听了，也都一起欢呼起来，虽然被天威号闹了一个灰头灰脸，但商家军确实是败走了，而且大多数清军也都看见了，自己的火船确实给商家军造成了很大的打击，看来确实是胜利了，因此欢呼的人也越来越多，都在庆贺这一场水战的胜利。
洪承畴这才下令，收拾战场，准备收兵回南京，而在收拾战场的时候，居然还找到了几艘商家军搁浅的战船，其中还有两艘是护卫舰，不知什么原因，引线在中途熄灭了，结果没有引爆成功，当然也就成了清军的战利品。
虽然护卫舰是商家军海军五级战船中最小的一级，但在清军的战船中，依然是庞然大物，有了这两艘战船，清军的胜利也就更有说服力了，因此洪承畴也十分高兴，带领着船队返回南京。
而在另一方，商家军撤退之后，顺着江流一直退到了常州府包港附近，这时火船大多都被燃烧殆尽，而且天威号也带着一部份败船赶上了大队，这些战船集中都是主力战舰，虽然都有一些损伤，但并没有大碍，一个月左右就能修好，因此黄震也颇觉有些安慰。于是下令就在江边驻扎，然后计察损失。
这一战商家军一共被毁战船三十四艘，包括七艘驱逐舰，十二艘护卫舰。另有二十一艘战船需要大修，才能重新恢复战斗力，另外阵亡士兵七百二十七人，伤六百八十一人。总计损失的战船达到全军的六成左右，伤亡士兵接近全军的四成。清军一共损失了战船二百一十七艘，伤十二艘，阵亡士兵二百七十七人，伤二百二十六七。
尽管清军损失的战船数量是商家军的数倍，但绝大部份都是三百料以下的小船，而且都是商船、货船，本来就是在战场上充当炮灰用的，远不能和商家军损失的专业战船相比，另外在士兵的伤亡人数上，清军也远远少于商家军，而且商家军也确实是在战场上败退的，因此也可以说这绝对是商家军的海军成立以来，遭遇到的首次一场败战。而且损失也相当损重，新组建长江舰队几乎损失了一半的战斗力。
因此长江舰队的主将黄震，还有三名分舰队的指挥官也无话可说，派人向商毅通报战况，并且主动请罪。
由于水军的败阵，而且清军的援军也己经赶到，正在进攻丹阳县的杨武丞也立刻撤军，退回到常州府驻守。商家军进攻镇江府的意图也落空了。
多铎在镇江驻军之后，立刻就收到洪承畴传来的水上大捷的战报，也不禁欣喜异常，这也是清军与商家军作战少有的重大胜利，而且还是清军最不擅长的水战，就更是难能可贵了，看来洪承畴确实真有两下子。
不过就在第二天，从另一条战线的消息也传到了镇江，广德州失守，清军损失近万人。两线战场上，商家军和清军都是一胜一负，从表面上看打了一个平手，但商家军毕竟是夺了一座州府级的城池，因此在实际上，清军还是吃了一个暗亏。
虽然对清军来说，镇江府是绝不容有失的，但也不能说广徳州就不重要。商家军夺取了广徳州，虽然还不能直接危胁到南京，但却占领了从南京直接进攻杭州的咽喉要路，而且南京外围的宁国府、建平、溧阳等地都在商家军的进攻范围内。因此南京外围，也不安稳。
而多铎赶忙和洪承畴商议，现在进攻镇江府的商家军退了兵，那么自己要不要赶回去复夺广徳州呢？不过这时洪承畴却是胸有成竹，请多铎尽可放心，商家军绝对没有能力从广徳州发动进一步的进攻了。
