危机度过，反间行动也取得了圆满的成功，家里两名孕妇也都平安生产，商毅也开始把主要的精力都放在菲律宾战争上。
这时先头部队己经出发了一个半月，南京只收到了一次先头部队发回的报告，得知先头部队己经到达了马尼拉，入主商馆，马尼拉的局势虽然十分严峻，虽然西班牙人还没有开始大规模屠杀华人，但在与当地土著的冲突中死亡的华人己经超过了一百人，而且西班牙人也己经开始介入冲突，在先头部队到达马尼拉的前一天，西班牙总督府正式下令，命令所有华人服从总督府的命令，交出武器、保持克制态度，不许使用暴力，就可以保证其人身安全。而随船一起到达马尼拉的洋和尚们，也马上展开了交涉活动。
因为从菲律宾到南京，一去一来至少也要一个月以上的时间，因此现在收到的消息也只有这些，不过李华梅的海盗舰队也发回消息，己经全员出发，赶去支援马尼拉的先头部队。商毅也稍稍安心，先头部队加上李华梅的海盗舰队，在马尼拉坚守几个月，应该不成问题。不过虽然是如此，但也不能掉以轻心，还是尽快派遣大规模舰队去菲律宾才好。
其实在处理这些事故的时候，舰队和军队都己经准备齐全，随时都可以出发，但一直没有动身的原因是，商毅决定这次出兵，将由自己亲自带队出战。
这个决议也遭到四名内阁成员的全体反队，虽然他们都赞同出兵马尼拉，保护海外华人，但都不赞同商毅亲自出马，因为商毅是南京政府的主心骨，说白了就是南京政府的皇帝，当然不可轻易出动，万一商毅离开南京，清廷再度发动南侵又该如何应付。而且海上不同于陆地，万一遭受风浪凶险，后果实在是不堪设想。因此就像去年对琉球、日本的一样，派一员大将带队就可以了。
不过商毅仍然坚持己见，认为这些理由都不充足，过去商毅也经常出征在外，由叶瑶瑱在家里坐镇，代理政务的模式，己经有相当的经验了。而从情报机构发回的消息来看，清廷内部的矛盾也有很多，现在跟本没有能力发动大规模的南侵，而且现在南京政府的五大军区全部都齐备，在南京还有统战部，一般的局部战争完全可以应付得了。
而海上的风浪，属于天险，谁都没有办法预料，海军成立了这么多年，出海作战也不是一回二回，但因风浪而发生减员的事情并不多。因为现在的造船技术已经发展到一个很高的水平，而且菲律宾离台湾并不远，也就和到琉球差不多，而且在途中还有不少的小岛，一但遇到风浪，完全可以及时停靠躲避，这并不是问题。
众人见商毅的态度坚决，也就不好在说什么了，只好听从，然后才开始准备商毅出发以后的事务。
其实商毅坚持要自己亲自带队，并不是呈一时之气，而是出于仔细的考虑。在内阁成员看来，这次出兵进攻马尼拉，和琉球、日本战争没什么区别，不过就是保护海外华人安保，打击一下西班牙人，最多也就逼得西班牙人赔款而己。
但商毅的目地，和发动琉球、日本战争并不一样，不是只要教训一下西班牙人，而是要将西班牙人从菲律宾彻底赶走，完全占领菲律宾群岛。
当然无论是日本还是菲律宾，都在商毅未来的计划之中，不过就是早打晚打的事情。但菲律宾和日本，还是有很大的区别。
到这个时候，日本己经是一个拥有近二千历史的国家，尽管现在日本的整体发展水平还远不如中国，但也进入封建时伏，并己经形成了自己独有的整体民族性格，宗教、国家概念，无论徳川幕府分封了多少个大名，但他们都承认自己是属于日本这个共同的名称。
而菲律宾现在根本就还没有形成一个真正意义上的国家，菲律宾这名称，还是西班牙殖民者给取得，是为了记念西班牙国王菲利普二世，在此之前，中国称呼这里为吕宋，一直到了商毅穿越之前的那个时代，马尼拉所在的岛屿，还被称为吕宋岛，而在菲律宾群岛的本土居民，严格来说还未完全脱离原始部落的习性，根本没有任何整国家的观念。
有文化的地方才是最难征服的，因此想要征服日本，不是打一二次胜仗就可以，而是一个长期的过程。但相对菲律宾，却要简单得多了，当年西班牙人万里渡海，人数不到一千名士兵，时间不过十几年，就可以完全统制这片群岛了。而中国的优势比西班牙大得多，当然也更容易多了。
另外从战略角度来说，日本、琉球都是中国的近海位置，而菲律宾最是位于中国大陆的南端，东临太平洋、西靠南中国海、西南直通巴达维亚，东南可以远眺澳大利亚，是中国走出大陆限制，正式通向海洋，参与大航海竞争的重要一步。而且想要把南中国海变成中国的内海，菲律宾群岛就必须纳归为中国的领土之内。
而现在占领了菲律宾的西班牙人正好给商毅提供了一个出兵的借口，虽然目前中国国内的内战还没有结束，但商毅还是决定，先利用这次机会，占领菲律宾群岛，把菲律宾变回成吕宋。
但这毕竟是中国历史上首次进行的跨海开疆扩土的殖民作战，尽管战争本身的难度并不大，但面临的环境却要比琉球、日本战争都要复杂得多，不仅有西班牙殖民者，当地土著，天主教会的传教士，甚至可能连荷兰人，葡萄牙人都有可能来搀和一脚，另外还有战后的收尾善后工作，对土著，传教士，西班牙人的处理，保持中华军在菲律宾的统治，以及继续维持菲律宾群岛的贸易繁荣等事务，战争仅仅只是其中的一部份。
因此这次出战，让海军部的成钢、黄震谁带队，商毅也都不放心，只有自己亲自出马，给他们作一个示范，等有了这一次作战的经验之后，以后的战斗，也就可以放心的交给他们了。
不过这个理由没法对内阁的四名成员说清楚，虽然经过于了商毅的一再启蒙，但海洋意识的提高，不是一天两天就能做到，李格非或许能够理解商毅的用意，但其他三个人仍然还是把菲律宾看作一个海外偏邦，现在能让他们接受保护海外华人这个观念，就是很大的进步了。因此商毅也懒得和他们详细说明，先把菲律宾占领再说吧。
但在商毅的后宫里，亚莉桑徳拉却非常付责任的告诉其他人，这一次商毅之所以一定要亲自出马，是因为他一定掂记着那个女海盗，估计这次商毅回来，后宫里又应该增加一名姐妹了。当然亚莉桑徳拉漏密的代价是，在丰臀上挨了商毅重重的一巴掌。也惹得其他的妻妾们哄堂一笑。
尽管亚莉桑徳拉是很想和商毅一起出战，但刚刚生完女儿，己经成为母亲的亚莉桑徳拉不可能把女儿仍在家里，自己跑去参加战斗。而且亚莉桑徳初为人母，对这个女儿也十分疼爱，因此这次不用商毅说，就十分自觉的留在家里照顾女儿。
同时商毅也决定这一次战斗，西班牙雇佣军团也全部留下来，因为他们都是西班牙人，上了战场很难保证不会有人通敌，为了万全起见，全都留在中国。不过商毅仅仅只带了安徳烈，阿尔维斯和莫亚三个人随自己一起出战，安徳烈是商毅的亲卫队队长，又是小舅子，可以完全信任。而阿尔维斯和莫亚都曾是菲律宾的西班牙军军官，他们一同前往的主要作用不是作战，而是充当商毅的顾问。
而亚莉桑徳拉虽然不能亲自出战，但她也仍然尽自己的全力帮助商毅，她毕竟曾是西班牙驻菲律宾的高级军官，对菲律宾的驻守情况，西班牙军的兵力分布，以及关隘港口，以及各土著的战斗力，土著和西班牙殖民者之间的关系，土著与土著之间的关系等等事情都十分了解，也向商毅做了详细的说明。同时也对登岸、进军路线，攻城的方法等等，也都提出了自己的意见，供商毅参考。
就这样时间也到了七月下旬，商毅也准备离开南京，在杭州登船出发。
但就在商毅动身的前一天，李格非忽然赶来向他报告，英国东印度公司又派出了一个代表团，来到中国，想求见商毅，这时他们己经在杭州登岸，住进设在杭州的英国商馆里。
上次英国东印度公司的代表布莱克来到中国，己经是三年多以前的事情了，不过在这个时代中西交流，基本都是以年为单位的，因此现在才第二次来中国，也并不奇怪。
商毅得知以后，立刻命人快马赶到杭州，通知英国东印度公司代表团，自己将在到达杭州以后，接见他们。
