虽然徳川家光心里也十分恼火，但他毕竟身份不同，想得也要比别人深一层，尽管徳川幕府并不知道，商毅这次并没有足够的力量向日本发动登陆作战，但这次对江户城的攻击，给徳川家光留下的印像实在太深刻了，而且也完全颠覆了他们对战争的观念，因此在徳川家光看来，商家军其实根本就是不屑发动地面进攻，只用这种海上攻击的方式，就完全可以催毁日本所有的沿海城市。
在商家军的这种战法面前，日本军队几乎全无抵抗之力，唯一的办法就是放弃所有沿海地区，向内陆转移。但日本本身只是一个岛国，几乎没有任何的战略纵深空间，放弃沿海地区是根本就不可能的，因此打是肯定打不过，但答应下来，又觉得不甘心，于是又找来酒井忠胜、松平信纲、阿部忠秋等人商议。
这一次几个人来了，半响谁也没有说话，德川家光心里也不禁有些着急，道：“你们都说话啊。谁有办法，是打还是谈。”
这时松平信纲才发言道：“主上认为，我们现在与商毅作战，有获胜的机会吗？”
德川家光摇了摇头，道：“没有。”
松平信纲又问道：“商家军所说，如果我们不接受条件，就要将江户夷为平地，主上以为，他们是在危言恐吓，还是确有其能呢？”
徳川家光沉默了一会，才道：“确有其能。”
松平信纲又问道：“一但江户真得被他们夷为平地，那么主上将置往何地。”
徳川家光听了也只得苦笑了一下，他当然知道，江户城是德川家的根基，如果江户城被毁了，德川家也必然大伤元气，而那些原来就不甘被德川幕府统制的大名们，决不会放弃这个机会，那么自己这个征夷大将军的位置，也就做到头了。
相反尽管江户城被毁了差不多有一半，但毕竟基础还在，而且徳川幕府的实力也没有受到太大的影响，而在各大名中，萨摩藩基本是彻底完了，就算商毅不要惩罚，徳川家光也不会放过他们。长州藩的水军也遭到了重创，徳川幕府最忌殚的三个大名中，只有一个仙台藩没有损失，但也是孤掌难鸣，因此只要是保住了江户城，徳川幕府就还能够震得住日本其他的大名，也就能够保住德川家的地位。
结果其实己经是明摆着的，不容德川家光有别的选择了。而且就算赔偿一些白银，也可以让其他大名分担，并不是全由幕府自己掏腰包，还可以借机削弱一下其他大名的势力，因此从现在的情形来看，议和还是越早解决越好，拖得越久，对自己也就越不利。
但徳川家光毕竟还是有些不甘心，同时又有些担心，又道：“信纲，我这几天又仔细想过，我们答应了开放通商口岸，商毅为何还是不将丰臣的余从交还给日本，是否叧有打算，何况以商毅如此横蛮无礼，未必没有窥视我日本之心，虽然这一次他打出丰臣氏的旗号，难免下次不会。难道我们就这么算了吗？”
松平信纲道：“主上明鉴，自然不会就这么算了，现在答应商毅的条件，不过是权宜之计，为了渡过眼前的难关。等把这一关给过了，我们再作打算。昔日中国韩信能忍跨下之辱，就是先君也有倔从织田氏、丰臣氏的时候，因此请主上为了徳川氏的大局，暂忍一时之气。”他顿了一顿，胸有成竹道：“而且臣现在己有打算，此仇我日本定报不可。”
听了松平信纲这一番话之后，德川家光才稍稍有些放心，点了点头，道：“好吧，信纲，这件事情还是由你去办吧。”
得到德川家光的同意之后，松平信纲立刻来到了商家军的军营里，面见成钢，表示接受商家军的条件，然后双方也立刻开始展开正式的和谈。
其实成钢并不是一个善于和谈的人，但西班牙雇佣军的队长莫伦特却是殖民的老手，而安徳烈的年纪虽然不大，在这方面也很在行，有他们两人当成钢的左右手，也不会误事。而且和谈的内容和条件，在出战之前，商毅都有比较详细的交待，照着一条一条的定就行了，而且现在的日本也确实拿不出什么筹码来，最多只能有赔偿多少白银上还一点价，在某些细节上多争取一点利益。对商毅的条件，绝大部份都只能接受。
因此经过了一番争辩和讨价还价之后，双方最终达成的和议中文版全文为：
兹因中国靖北王，日本征夷大将军，欲以近来之不和之端解释，止肇衅，为此议定设立永久和约。是以中国靖北王特派海军部联合舰队司令员成钢；日本征夷大将军特派待从，幕府老中松平信纲；公同各将所奉之上谕便宜行事，及敕赐全权之命互相较阅，俱属善当，即便议拟各条，陈列于左：
一、嗣后中国靖北王，日本征夷大将军永存平和，所属中日人民彼此友睦，各住他国者必受该国保佑身家全安。
二、自今以后，日本征夷大将军准中国人民带同所属家眷，寄居日本沿海之加治木、神户、大阪、静冈等四处港口，贸易通商无碍；且中国靖北王可派设领事、管事等官员进住该四处城邑，专理商贾事宜，并与各该地方官公文往来；应纳进口、出口货税、饷费，均宜秉公议定则例，由幕府颁发晓示，以便中国商人按例交纳；中国货物自在某港按例纳税后，即准由日本商人遍运天下，而路所经过税关不得加重税例。
三、琉球及所属诸岛，皆为中国靖北王之藩属，乃由中国以例治理，此后日本不得干涉其内政、鼓动其臣民挑衅，如有违者，中方当依本国条例律法处置。
四、此番战端，皆因日本萨摩藩主岛津光久滋肆肇衅而起，今岛津光久及其部众被困琉球首里城，皆同有罪，自本约签定后，岛津光久及其首要部众将交于中方依本国条例律法处理，从者由日方归国治罪，而同困首里城之日本彦根藩藩主井伊直孝，及其部众，由中国释放，令其归国。
五、因此番战端，中国商人受困于琉球，强留于日本、扣以船货，吓以死罪，今征夷大将军准以白银一百万两偿补原价，及安抚惊吓。
六、因日本萨摩、彦根、长州诸藩等向中国官民人等不公强办，以刀兵危吓，致中国须拨发军士舟船相救，耗费国库，今酌定水陆军费白银二百八十万两，征夷大将军准为偿补。
七、以上二条酌定自银数共三百八十万两，将分三批支付交割，以签约之日日本永宽二十四年X月X日起，自时交银一百五十万两，为第一批交割；至日本永宽二十四年十二月，交银一百三十万两，为第二批交割，于次年六月交银一百万两，为第三批交割；第一批白银将交付中国军队，第二、三批白银，将由日本运往琉球交付。倘有按期未能交足之数，则酌定每年每百两加息五两银白银。
八、凡系中国人，无论本国、属国军民等，今在日本所管辖各地方被禁者，征夷大将军准即释放。
九、凡系日本人，前在中国人所据之邑居住者，或与中国人有来往通商者，或有跟随及俟候中国官人者，均由征夷大将军全然免罪；且凡系日本人，为中国事被拿监禁受难者，除萨摩藩众之外，亦加恩释放。
十、俟奉日丑征夷大将军允准和约各条施行，并以此时准交之一百五十万两白银交清，中国水陆军士当即退出日本境内，不复占据。
十一、以上各条均关议和要约，应候大臣等分别奏明中国靖北王，日本征夷大将军批准后，即速行相交，俾两国分执一册。
这份和约的名称，定为《中日亲善友好和约》，不过和约签订的地点，是在日本神奈川随属的横须贺地区，在日本将其称为《神奈川条约》。
这也是中国历史上和外国签定的第一个正式和约，也是第一个以中国为国家名称，签定的和约。只不过在称呼上有些不伦不类，过去眀朝与日本通国书，对丰臣秀吉、徳川家康都使用过日本国王的称呼，但现在商毅还只是靖海王，并不是中国皇帝，因此对徳川家光的称乎，是使用他的官职名称，征夷大将军，只是看起来似乎并不像是两国最高统治者之间签订的和约。因此在数百年后，毎次介绍这份历史文献时，都要附上大段的解释，来说这是中日之间签定的第一份国家协约。
但从内容上说，中国一方无疑获利颇大，条约签定之后，中国不仅获得了三百八十万两白银做为赔偿，而且还在日本获得了四个通商口岸，可以派驻领事，全面和日本进行直航通商，并且获得了进出口税务的优惠政策，也完全达到了这次出兵的目地。而日本一方则被迫打开国门，让出了大量的国家利益。
