商家军勇夺天险仙霞岭之后，顿时震动了江西、福建两省。无论是清军还是郑芝龙，都没有想到，号称天险的四大关口之一的仙霞关，居然就这么被商家军给攻破了。
清军毕竟是久和啇家军作战，也习惯了商家军把一个个不可能变成可能，但郑芝龙以前只是听说过商家军的战绩，而这一次虽然也不是和商家军作战，但也有了深刻的体验。而另一边郑成功也对商家军的战斗力更为佩服，而朱聿键更是羡慕不已，同时心里只叹息，为什么郑芝龙不是商毅呢，如果自己能够得到商毅的辅佐，那么收复失地，中兴大明也指日可待了，因此也想如何才能使商毅奉自己为正朔呢？
而就在这时，商毅的信也送到福州郑芝龙手里。
尽管商毅在信中的语言十分严历，但挟持着复寺仙霞岭的余威，郑芝龙却不敢有一点不悦的意图。而且现在郑芝龙现在虽然是在和清廷谈判，但也没有从清军那里得到明确的消息，谁知道清廷会不会答应自己的条件呢？因此在这种情况下，自然也不能把商毅给得罪了，万一自己没有和清军谈好，还是希望和商毅保持着继续连盟的关系，共同抵抗清军。
当然就算是和清军谈好了，郑芝龙也不打算和商毅为敌，因为郑芝龙和清军谈判，主要的目地只是想让清廷承认自在福建、广东的独立势力，但并不打算真正为清廷卖命。而且商家军的实力确实太厉害了，和商毅为敌，自己未必有好结果，何况郑芝龙在本质上还是一个啇人，做事自然不会做绝了。
因此郑芝龙也给商毅回了一封信，措词用得十分婉转，为自己的行为做了一些辩解，同时仍然希望继续和商毅保持连盟的关系。
收到郑芝龙的信之后，商毅当然看得出，郑芝龙说得虽然委婉，但降清之意确是十分肯定的，谁也无法改变因此也只是又给郑芝龙回了一封信，只是提醒郑芝龙要小心清廷反复无常，不可轻身涉险。
同时商毅又命令南方情报机关严密关注福建的动静，并且设法和郑成功取得联系，一但郑芝龙真的降清，就尽力扶持郑成功，接替郑芝龙，牵制福建的清军。
不过在商毅收到郑芝龙回信的同时，清廷派去和郑芝龙联络的黄熙允也回南京，将郑芝龙的回信送给了洪承畴和多铎。
这个时候，南京的洪承畴、多铎，勒克德浑商议下一步的计划。
现在己经进入顺治三年（1647年）六月中旬，洪承畴到达南京，己经有两个月了，清军的整编调整工作都己经结束，在军事上的成绩也不错，虽然和商家军的交战中，吃了一点小亏，但还是阻止了商家军在南京外围的进攻，同时在湖南、江西两个战场都取得了不小的成果，招降郑芝龙的工作也有了实质性的进展，至少郑芝龙己经表明了有这方面的意向。而下一步就是准备清剿占据在湖北东北部的商家军。
这也是洪承畴南下的第一个重点目标，自从洪承畴到达南京之后，就一直在为清剿湖北的商家军做着准备工作，而现在条件也都差不多了，可以开始出兵。
但时郑芝龙的信也到了南京，意思也很明确，就是希望清廷一方派一个有份量的人去福建谈判，而这一回可就不是再谈什么意向，而是实质性的条件了。而这也是洪承畴南下的第二个重点目标，招降郑芝龙，占领福建，不仅可以完成对浙江的三面包围，而且还可以获取福建的财富，无论是那一点，对目前的清军都是至关重要的。
想要完成招降郑芝龙的工作，当然是要洪承畴亲自跑一趟福建，因为洪承畴和郑芝龙是同乡，两人有过几面之识，这份同乡之谊，也是清廷招降郑芝龙的一个重要基础，为了表现清廷的诚意，打消郑芝龙的疑虑，洪承畴也必需亲自出马。同时一但招降郑芝龙成功，清军就要进取福建，广东之地，并且都获得这两省的财富，也必须要一合有份量的人去江西坐镇，压制住尚可喜。
因此最终三人商议决定，由洪承畴和勒克德浑两人一起南下江西，主持招降郑芝龙，以及进攻福建、广东的战事，而多铎留守南京，并遥控指挥征剿湖北的战事，同时也兼顾防范商家军的进攻。
其实洪承畴已经对征剿湖北做出一个详细的计划，这次进攻湖北，将以贝子尚善为前线总指挥，出动蓝拜、阿哈尼堪，石廷柱、马光辉、李思忠、刘良佐、刘泽清等满汉诸将，共计出动人马近六万余人，以压倒性的优势兵力，一举清剿湖北地区的商家军。
任务分派之后，三人立刻分头行动，洪承畴和勒克德浑带领佟图赖、金声桓两将从南京出发南下，进驻江西。而多铎在南京调兵遣将，准备向湖北发动进攻。
就在众人正要进动的时候，北京传来了多尔衮的诏令，命令清廷所占之地各处文武军民尽令剃发，傥有不从，以军法从事。也就著名的剃发令。
其实清廷强迫剃发，并非入关后才施行。早在努尔哈赤、皇太极时代，就曾多次下令，命清廷统治范围内的汉族人剃发梳辫，改习满族服饰，目地当然是为了保持满族的民族独立性，不被汉族同化。
在清军刚入关时，多尔衮也曾下令沿途各州县官民均剃头留辫，改习满族服饰。但进入北京以后，遭到汉族居民的强烈反对，除了少数无耻之徒剃发邀宠以外，不少官员都观望不出，甚至为避免剃发而南逃。就连引清军入关的吴三桂也多次劝说多尔衮，不要强行推令剃发。
因此在这种情况下，多尔衮也自知清廷统治还不稳固，推进剃发令确定操之过急，于是也很快就收回成命。顺治元年五月二十日谕旨中说：天下臣民照旧束发，悉从其便。
在清军入关以后的很长一段时间里，明朝旧官投降了清廷之后，仍旧身穿明服，冠裳不改。因此在朝会的时侯，文武官员们也形成了满汉分明，截然不同的两种样子。
但清廷只是暂缓剃发，只是一个权宜之计，而不是彻底取消剃发令，一但清廷在关内的统治稳定下来之后，早晚都会重新强令剃发的。只不过是等侍一个合适的时机而己。
而清廷重新下令剃发的始作俑者叫孙之獬。他本是明朝天启年间进士，早年投靠魏忠贤，得以上位，出任翰林院侍讲。在崇祯初年，魏忠贤倒台之后，朝廷下令销毁魏忠贤主编《三朝要典》时，他抱《要典》哭告太庙，为世人所不齿，结果被明朝罢免，一直郁郁不得志。
清军入关之后，孙之獬立刻俯首乞降，并且自己带头与家人奴仆一起剃头留了辫子，而清廷为收揽人心，接纳并让他出任礼部侍郎兼翰林院侍讲学士。
清军攻破了南京之后，多尔衮为了速度招抚平定南方，曾下令在京文武官员可以自荐报名，出任南方各省的招抚工作。虽然这时商毅依然驻守在浙江，抵抗清军，而且南方又有数王被拥之起来。但从表面形式上看，清廷的威势几乎己经席卷了全国，占据了绝对的优势力量。因此一些热衷功名的无耻之徒也都觉得有机可呈，于是自告奋勇，要求出使。希望可以凭借清朝兵威，谋取富贵。
而孙之獬自然也不甘心落入人后，而且还别出心裁的上了一表，称自己：“占卜了一课，得辞云：‘时乘六龙为帝使东，宣达诏命无所不通。’今皇上龙飞正时乘也，若臣得奉命则为帝使矣。无所不通则成功矣。一生勋业留俟今日，臣不敢违天自逸，以取谴戾。
同时为了表示自己对清廷的忠心，并博取多尔衮的好感，在第二天上朝时，孙之獬不但剃了发，留了辫，还改穿了满族官吏的服装。
结果在朝堂站班时，孙之獬首先想站到满族大臣的行列。但满族大臣都自谓高人一等，自然不屑与孙之獬同班，于是将他推挤出去。而孙之獬想回到汉族大臣班列时，汉臣们又恨他过于逢迎求宠，也不让他入班。结果让孙之獬夹在中间进退不得，狼狈万状。还被多尔衮申了一顿。
谁知孙之獬在羞恼之下，第二天又上书朝廷，称：“陛下平定中原，万事鼎新，而衣冠束发之制独存汉旧，此乃陛下从中国，非中国之从陛下也！”
而在几天之后，多尔衮代表清廷正式发下了剃发令，并传谕各地：自今布告之后，京城内外限旬日，直隶各省地方自部文到日亦限旬日，尽令剃发。遵依者为我国之民；迟疑者，同逆命之寇，必置重罪。若规避惜发，巧辞争辩，决不轻贷。
同时清廷又下，加封孙之獬为兵部尚书，并奉旨招抚山东各地。
