十九路军在确定了对台作战的方略之后，立即开始了紧锣密鼓的准备工作：大批的军用物资接连不断地向福州、厦门、泉州等港口城市输送。为了保证隐蔽性，运送物资的卡车都是在夜间进入市区；新组建的台湾军团用登陆舰在闽江下游水面宽阔的河段进行实战演练，熟悉这种完全新型的战斗模式；马尾船厂的工程技术人员则夜以继日地对准备用来输送人员和装备老旧舰艇进行维修和改造，尽量修复上面的武器系统，使其具有一定程度的自卫能力；潜伏在台湾的谍报人员和武装人员严密地监视着岛内日军的调动情况，随时把最新的变化反馈到福州总部。
与此同时，孙百里把自己的注意力全部转移到华中和华南的日军身上，只要敌人一露出破绽，严阵以待的数万大军就会立即渡海东下。
冈村宁次率领的日军第11军主力，在连续突破第九战区的多道防线之后，把战线推进到捞刀河畔，然而，湖南和湖北两省的老百姓，在当地政府和军队的组织下，把日军后面从新强河到捞刀河之间的主要公路全部挖断，把所有的桥梁全部破坏掉，使其后勤补给变得异常困难。
本来，根据冈村宁次的计划，日军在进入长沙之前，就应该把第九战区主力歼灭掉，然后将以胜利者的姿态进入长沙城。可是现在，他的第11军团面临着的情况却是：主力部队已快到长沙城下了，但是，第九战区的主力，在对日军进行了毫不客气地多次打击之后，按照预定计划迅速撤退到两侧有利地区，把通向长沙的道路让了出来。直到这个时候，冈村宁次才醒悟过来：中国军队并不是抵挡不住而败退，而是以长沙城为中心，摆开一个使人毛骨悚然的口袋阵，正张着恐怖的大口等着自己去钻！
最后，冈村宁次的第11军之后停止了前进的步伐，宣布：“本次作战目的已达到，本军无意占领长沙城，全军撤退！”
10月上旬，日军全线溃退，第九战区司令官薛岳随即指挥各路大军穷追猛打，一直把战线恢复到第11军发动攻势之前的态势才停下来。随后，薛岳电告蒋介石，称此次湘北会战，取得了战略和战斗的全胜。歼敌四万多人，其中少佐以上日军军官四十余名，缴获枪炮辎重无数。
损兵折将的第11军灰头土脸地撤回到武汉，很长时间内都没有恢复元气。
日本统帅部发觉无法在华中地区打开局面，随即决定从华南发动攻势，威胁中国的大后方。
11月初，美国太平洋舰队的侦察机发现日本舰队正在北部湾集结，于是立即向中国统帅部通报，指出日军有发动登陆作战的意图。
接到统帅部转来的敌情通报之后，作为第四战区司令长官的孙百里立即命令第16集团军向钦州、北海、防城港一带集结，同时命令第12集团和第十九集团军驻粤部队准备进入广西作战。然而，一向视广西为禁脔的李宗仁和白崇禧断然拒绝了他的好意，从而错过了最佳的时机！
11月13日，南海上空风云突变，黑云滚滚，海风怒号，巨浪滔滔，暴雨倾盆，昏天暗地。第五师团主力部队与海军陆战队一部，乘坐七十多艘舰船，顶着狂风暴雨和滔天巨浪，向广西钦州湾进发。由于当时天气恶劣，第16集团军做出了错误判断，认为日军不可能在这样的气候条件下实施登陆作战，从而放松了警惕。而日军却利用惊涛骇浪和狂风暴雨作掩护，黑压压的舰船群，从广阔无垠的海面向中国的南海岸扑来。
11月15日，上午，日军及川支队在钦州湾登陆，至16日，已有约两个师团的陆军登上了钦州湾沿岸。日军第五师团以三路纵队，齐头并进，浩浩荡荡地向北猛攻，第16集团军虽然竭力抵抗，但是由于准备不充分，防线尚未部署好，仓促应战，连战皆北，24日上午，南宁失守。
虽然蒋介石和统帅部都知道南宁失守的责任不在孙百里身上，但是他毕竟是第四战区的司令长官，是第16集团军名义上的上司，所以毫不客气地来电申斥，限令他尽快收复南宁。
然而，出乎中日双方统帅部意料的是，孙百里等待的就是这个机会：冈村宁次的第11军损失惨重，无力南下，安藤利吉的第21军又深陷广西战场，更加无暇东顾，于是毫不客气地发动对台作战！
首先，孙百里命令集结在粤北的部队再次向增城和花都挺进，主动向日军挑战，迫使其采取守势；粤西的新二师和第156师迅速经梧州向玉林进发，威胁日军的侧翼；粤南的第五纵队和其他地方部队全速向广西靠拢。紧接着，犹太军团在第167师和新一师的配合下向鹰潭和南昌中间地区前进，摆出要把两地日军割裂开来的架势，迫使第11军不敢轻举妄动。
1939年11月20日下午五点钟整，台湾军团从泉州、福州和厦门三地同时出发，乘坐数百艘大小舰艇，浩浩荡荡地杀向台湾。
在三支舰队的最前面都是马尾船厂制造的排水量只有数百吨的快艇，几艘老旧的登陆舰和运输舰紧随其后，数量庞大的商船、货轮和渔船在簇拥在后面。
次日上午十点钟左右，从福州出发的舰队最先抵达台湾，舰队在新竹附近登陆以后，击溃了匆忙上阵的日军两个中队，迅速建立滩头阵地，然后向新竹攻击前进。
从泉州出发的舰队则在鹿港登陆，迅速向彰化挺进，准备占领台中。
厦门出发的舰队在准备绕过澎湖列岛的时候，与日本海军部署在这里的一艘驱逐舰遭遇，随即展开激烈的海战。驱逐舰虽然船坚炮利，航速较快，但是在十几艘快艇和几艘破旧军舰的围攻下很快招架不住，狼狈逃回港内。
由于台湾海峡的地形是南宽北窄，厦门舰队又遭遇敌舰，所以直到下午四点钟左右才在湖内附近登陆，没想到的是，居然没有遇到任何抵抗——这里的军队已经向北增援去了。大喜过望的指挥官立即兵分两路，向台南和高雄两地前进。
