国民政府统帅部经过三天讨论，制定出初步整编方案：第一，对军队体制进行改革。彻底废除兵团和军团两个层次，以军（三个步兵师）为作战的基本单位，正规军全部更名为国防军，取消此前整编、新编等等种类繁多的名称；第二，对指挥系统进行重新规划。取消蒋介石时代的行营，改为由最高统帅部直接指挥各大战区；第三，对步兵师的装备和兵员进行调整。一线部队将由齐装满员的甲种师为主力，编制和兵力按照十九路军步兵师的标准，二线部队将根据战斗力的强弱划分等级。第四，军政分开。终止战区司令长官兼任地方行政长官的惯例，改由文职官员担任。第五，新建两个独立的装甲集团军（下辖五个装甲师），与扩编之后的犹太军团一起作为国家的战略打击力量，由最高统帅部直接指挥。
另外，为了适应新的形势，最高统帅部重新划分了战区，调整了兵力部署：
第一战区，司令长官蒋鼎文。下辖两个集团军，共12个步兵师，一个步兵旅，一个骑兵师，一个骑兵旅和其他特种部队，总兵力约二十余万人，在河南省省中西部地区布防，守卫黄河天险，切断华北日军的南进之路。
第二战区，司令长官阎锡山。下辖四个集团军，共24个步兵师，四个步兵旅，三个骑兵旅和其他特种部队，总兵力约五十万人，负责防守山西及陕西一部，并在敌后进行游击战。
第三战区，司令长官罗卓英。下辖两个集团军，共五个步兵师，两个步兵旅，总兵力约十万人，负责在苏南、皖南和浙江等地的游击战。
第四战区，司令长官余汉谋。下辖三个集团军，共18个步兵师，一个重型炮兵旅，一个防空旅，一个装甲师和空军一个大队，总兵力近五十万，负责两广、福建、江西三省防务。
第五战区，司令长官李宗仁。下辖两个集团军，豫鄂皖边区游击总队，共12个步兵师，一个骑兵师，一个骑兵旅和其他特种部队，总兵力三十余万。负责防守皖西、鄂北、豫南等地。
第六战区，司令长官张发奎。下辖三个集团军，共18个步兵师，总兵力约三十万，负责防守以宜昌为中心，北起钟祥，西至常德的广大地区，保障陪都的安全。
第七战区，司令长官傅作义。下辖一个集团军，共六个步兵师，九个步兵旅，四个骑兵师，四个骑兵旅，总兵力为十五万，负责防守甘宁青及绥远地区。
第八战区，司令长官胡宗南。下辖一个集团军，共九个步兵师，一个步兵旅，一个骑兵师，一个骑兵旅，总兵力二十万，负责陕西全省防务。
第九战区，司令长官薛岳。下辖五个集团军，湘鄂赣边区游击总队，共32个步兵师，总兵力接近六十万，防守湖南、鄂南等地。
整编计划确定之后，按照孙百里的设想，首先从工作量最小的第四战区开始，完成之后再转向邻近的第三、第九战区，以此类推，在一年左右的时间内完成整个整编工作。这样做的好处是显而易见的——第四战区的第19集团和第12集团的装备和人员配备十分标准，花费的时间最小，同时也是战斗力最强的战区，不用担心日军的突然袭击。
第四战区在不到一个月的时间内就完成了整编工作，然后把几个齐装满员的步兵师输送给第九战区，同时运送大批的装备给第三和第九战区，开始对这两个位置最重要的战区进行整编。与此同时，四川境内的军工企业在国民政府资金、福建军工企业的技术和人员的扶植下获得新的生命，源源不断地把武器装备输送到第六战区，加速整编进程。
就在中国方面全力战备的时候，日本统帅部已经决定在停战谈判中采取强硬的立场，并利用暂时的和平扩编军队，整顿防务，准备随时应付中国军队的攻势！
日本统帅部之所以再次做出如此重大的转变，是因为东南亚战场又取得了重大战果！原来，日本确定了借助东南亚当地人力量来肃清英美势力的方针之后，立即把在新加坡和菲律宾俘虏的近三万印度士兵重新武装起来，配合日军进攻防守印度的英军。印度军队虽然在对抗日军的战斗中表现拙劣，但是在痛打落水狗的时候却有上佳的表现，频频利用熟悉地形的优势突破英军防线，迫使其不断后退，结果印联军迅速击溃布拉马普特拉河对岸的英印军，然后不断向纵深突破，在短短的半个月时间内就把防线向前推进了两百多公里，日军前锋已经逼近加尔各答。已经与日本合作的印度民族主义者拉斯·毕哈利·鲍斯在日军占领区内四处演讲，鼓动印度人起来，在日军的帮助下推翻英国人的统治，把他们赶回英伦三岛。被英国人压迫了两百年的印度人看到过去不可一世的英国人在日军面前狼狈逃窜，顿时激发了其内心固有的反抗情绪，毫不犹豫地摒弃了甘地的不合作运动，积极响应拉斯·毕哈利·鲍斯的号召，使日本控制下的印度军队兵力迅速攀升到五万人，开始承担相当比重的作战任务。
与此同时，日军在南太平洋占领了大片地区，掠夺了数不清的财富和自然资源，包括东南亚丰富的石油等战略资源，再加上东南亚人潜在的支持，使日本统帅部以战养战的策略取得良好的效果，也为他们进行更大规模的海陆征战创造了条件。在这种情况之下，日本统帅部决定在东南亚组建全部由当地人组成的二十个步兵师团，协同日军作战。另外，在日本本土新建十个步兵师团，全部投入中国战场，等完全占领澳大利亚之后再从南北两个方向夹击中国。
日军全面占领新几内亚之后，海军航空兵开始对澳大利亚境内的战略目标进行不间断轰炸，航母编队则全面封锁其北部港口；陆军则利用岛上的机场出动轰炸机协同海军航空兵的轰炸行动，同时不断运送部队和作战物资上岛，为登陆作战做准备。
人口不足七百万人的澳大利亚发布总动员令，迅速把军队扩充到五十多万，然后在日军可能登陆的滩头以及内陆重要城市的周围构筑坚固堡垒工事，储备作战物资，与此同时，澳大利亚政府向美国政府紧急求援，请求立即出动海陆军协防。
面对日军迫在眉睫的威胁，罗斯福总统立即命令太平洋舰队全力增援澳大利亚，然后从国内调集五个步兵师和一个坦克师进入澳大利亚。为了增加保险系数，确保太平洋上的最后反攻基地不失，罗斯福继续向美国西海岸集结部队，准备随时增援。
美国的太平洋舰队在珍珠港被炸得支离破碎，三艘航空母舰一沉一重伤，完全失去了与日本海军抗衡的实力，所以几个月来一直避免和山本五十六率领的强大舰队正面交锋，只能为运输船队护航，并且航线都是在靠近南极的一侧。
然而，太平洋舰队的担心完全是多余的——老谋深算的日本帝国海军联合舰队司令山本五十六并没有把他们放在心上！山本五十六没有沉溺在独霸天下的幻想里，偷袭珍珠港的胜利，虽然是他的杰作，但他并没有被一时的胜利冲昏头脑，因为他对美国和美国人，比其它所有日本人了解得更清楚。
山本曾任日本驻华府的海军武官多年，在此期间，他曾在美国广泛游历，并深刻地研究了美国的军事潜力。他看到美国巨大的生产能力，了解一旦这个国家完全纳入战争轨道，日本就很少有获胜的希望。所以他希望在这种情形出现之前就迅速结束太平洋战争，而最有效的办法就是占领澳大利亚！
1942年7月5日下午一点整，山本五十六亲自率领由8航空母舰，6艘水上飞机母舰，12艘战列舰，10艘重巡洋舰，13艘轻巡洋舰，24艘潜艇和21艘后勤补给舰组成的联合舰队避开美国雷达的监视，突然出现在旧金山西部约200海里的洋面上，紧接着，四百余架轰炸机和一百多架战斗机在20分钟内全部升空，迅速向东扑去，日本联合舰队则立即全速向西疾驰而去！
不到半个小时的时间内，日军轰炸机把百余吨炸弹倾泻在旧金山市区，把这个美丽的城市变成了人间地狱！性能优越的零式战机在把匆忙升空的二十几架美军战机击落以后，把自己携带的两颗小型炸弹也投了下去，然后肆无忌惮地在城市上空追逐四处奔逃的人群，最终在地面上留下数以千计的尸体。
在随后的三天时间内，山本的联合舰队从南至北把美国西海岸的重要港口和城市悉数轰炸一遍，由于美军飞机的性能远逊于对手，完全丧失了制空权，只能依靠地面防空火力苦苦支撑，罗斯福只好命令用最快的速度从中东部地区调集防空部队，同时要求远程轰炸机部队不惜一切代价攻击日本舰队，将其驱逐出美国近海。
出乎所有人的预料，山本的联合舰队再次消失在茫茫的太平洋里，连一点踪迹都没有留下！
半个月后，山本的联合舰队再次从珍珠港出发，经过十天的航行之后出现在距离巴拿马不足三百海里的地方，由于这里远离美国本土，日本海军航空兵从容不迫地发动三个波次的空袭，用浅水鱼雷和重磅炸弹把巴拿马运河彻底破坏掉，从而切断了美国太平洋舰队和大西洋舰队之间的通道。
