日本统帅部制定的反击方案非常简单有效，一刀就插在十九路军的软肋——首先命令游弋在江浙沿海的海军舰艇全速前进，全面封锁台湾海峡，彻底切断两岸之间的物资和人员运输通道；其次，集结在北部湾的航母编队紧急返航，日夜兼程向台湾海域前进，只要台湾进入舰载机的攻击范围之后，立即出动轰炸机群进行主动攻击，压制登陆部队的攻势；再次，从关东军抽调两个师团的兵力，集结完毕之后，在本土出发的海军舰艇编队的护卫向向台湾进发，准备在岛内与中国军队决战；最后，命令岛内的驻军和日本侨民向高雄和基隆两个港口附近集中，在海军舰炮的支援下固守待援，把中国军队死死拖住，使其无法顺利占领全岛。
日本统帅部之所以能够在短时间内制定出如此大胆的计划，一方面是因为陆军全部深陷中国战场，无法在短时间内抽身出来，另一方面则是不相信十九路军只依靠岛上的区区数万兵力就能把驻军驱逐出去——岛上的正规军虽然只有六七千人，但是还有两万余名警察和二十多万日本侨民，凭借存放在高雄和基隆两个港口仓库里面的武器装备可以轻易再装备两个师团，这样一来，兵力就是对方的两倍以上！
十九路军的第二批物资刚刚运送过去，台湾海峡就被匆忙赶来的日军舰队封锁，谢长风率领的台湾军团就成为一支孤军！
形势虽然异常严峻，但是由于事先已经考虑过这种可能性，谢长风早就有了心理准备，当日军第一支舰队出现在台湾海域之后，他立即向军部报告敌情，然后从容不迫地部署兵力：向南进攻的台湾军团第二师在顺利攻克台南之后没有继续南下，而是以两个步兵营在当地组织防御，师部和炮兵团回师嘉义，其余部队则以营连为单位以迅雷不及掩耳之势扫荡周边的县城乡镇，在彻底破坏日本在地方的基层组织的同时，通告国军登陆的消息，在民众当中征集志愿兵；向北攻击的第一师在攻克新竹之后以摩托化步兵营为先导，高速向台北挺进，兵锋直指基隆港；军团司令部和直属部队则进驻台中，然后征集民夫把船队运送过来的补给和缴获的物资向中央山脉的高山族聚居区运送，原先渗透过来的谍报人员、小分队与无法返回大陆的数千民夫很快聚集起来，准备在这里家里根据地。由于高山族在日本统治期间数次起义，被日军血腥镇压过，对日本人是恨之入骨，所以对中国军队的到来非常欢迎，在他们的全力配合下，创建根据地的工作进行得非常顺利。
鉴于日军具有空前强大的海空力量，谢长风完全放弃了依靠海防工事把敌人阻挡在海岸线之外的想法，只在台中、新竹等几个沿海港口和适合登陆的滩头阵地配置了少量的监视兵力，却把军团的主要机动兵力投入到摧毁日本地方政权的工作当中。
匆忙赶到的日军联合舰艇的所有陆战兵力还不到一个团，根本没有胆量进行登陆作战，而华中和华南的日军又没有多余的兵力可以机动，所以只能耐心地等待关东军的到来，在此之前，只能依靠舰载机对中国军队进行空中打击，支援被压缩在两端的守备部队，同时舰艇编队用舰炮对沿海的要塞、港口进行不间断的轰击，为后面的登陆作战扫除障碍。
最初，中国军队登陆的消息传开之后，只有谍报人员活动频繁地区和高山族聚居区的民众明确表示了热烈的欢迎，其他地区基本上都保持观望的态度，因为长期的封锁和隔绝，使他们对海峡对岸的祖国已经十分生疏，也没有多少信心。可是，当日军不分清红皂白的狂轰滥炸造成大量平民死亡之后，民众的心态开始发生了微妙的转变。谢长风立即把握这个难得的机会，投入大量的人力和物力来救灾，以争取民心。由于台湾是日军进攻华南的中转站，各地的仓库里面堆满了各种各样的物资，同时，二十多万日本侨民也积累下相当可观的财富，谢长风把这些物资当中军需品之外的东西全部分配给当地民众，并且把日本人手中的耕地也平均分配给台湾农民，同时极力鼓动他们加入摧毁日本地方政权的行列。
日军迟迟没有登陆，使台湾的民众开始对他们的实力感到怀疑，而中国军队精良的装备和强悍的战斗力又给他们留下了深刻的印象：看着往日里不可一世的日本警察和驻军在中国军队凶猛的攻击下仓皇逃窜，对祖国的信心终于慢慢恢复起来，许多老人开始回忆起几十年来深埋在心底的仇恨，把日军当年是如何镇压台湾军民的旧事告诉自己的后代，于是，越来越多的人们加入了驱逐日本侨民的行列。另外，由于日本政府曾经采用巧取豪夺的手段把台湾农民的土地强行分配给日本侨民，使不到三十万的日本人占有超过70%的土地，分配土地的政策顿时使这些农民手中的土地起码多了一倍以上，顿时改变了他们的态度！
许多原本想留在庄园里面观望的日本侨民，忽然发现往日温顺的农民开始用不怀好意的眼神打量自己，只好和政府官员、警察们一起加入逃亡的行列，向高雄和基隆两个港口城市狂奔而去，希望能够逃出这片已经变得非常危险的土地。
察觉日本人的动向之后，谢长风立即命令军队放缓前进的步伐，把惊慌失措的日本侨民向赶鸭子一样台湾岛的两端赶去，许多在日本殖民政府任职的台湾人和亲近日本的台湾人由于害怕受到中国军队的惩罚，纷纷加入逃难的行列，于是在不到十天的时间里，高雄和基隆两个港口就增加了几十万人。由于台湾一直是粮食的主要产地，所以基本没有闹饥荒的可能，每年的余粮都被日本政府调运国内，导致岛内储存的粮食并不是很充裕，高雄和基隆本身是海港城市，平时都要靠其他地方运送粮食过来，现在突然增加了好几十万人，很快就把储存的粮食消耗一空，使难民们陷入忍饥挨饿的境地。
日本统帅部好不容易在东北集结了两个师团的兵力，可是却接到高雄、基隆两地驻军的紧急求援，要求尽快运送粮食或者把侨民运送回本土，顿时陷入进退两难的境地！继续登陆作战的话，军队并没有把握能够在短时间内歼灭中国军队，而这些聚集在两个港口城市的难民却支撑不了多长时间，何况外面还有中国军队在虎视眈眈；如果运送粮食的话，以台湾和日本之间的距离，大型运输舰来回一趟要好几天，只有一次出动很多舰艇才能够维持近百万人的消耗（两个城市本身还有数十万人），即便这个办法可行，如果让中国军队突破了防线，几十万侨民的生命就很难保障了！
万般无奈之下，日本统帅部只好暂时放弃登陆台湾的计划，转而出动大批运输舰，在战舰的护卫下输送难民。
面对这个千载难逢的好机会，谢长风一面命令中部的部队抓紧时间构筑工事，搜集粮食，一面命令南路军和北路军把部队以营为单位夺路突击，不断压缩日军的生存空间，迫使其只能龟缩在港口附近地区，依靠舰炮的支援勉强维持防线。此前曾经被日军统帅部寄予厚望的台湾驻军，虽然在仓促之间从警察和侨民当中拼凑了将近两三万人的部队，但是在台湾军团面前一触即溃，根本没有起到任何作用！
台湾驻军本来就是以静态守备为主的部队，无论是火力还是机动性，都和中国战场上面的日军野战师团相去甚远，而那些警察也都是年龄在四十岁以上退役老兵，平时挥舞几下警棍还勉强可以，再整装上阵就明显力不从心了，被武士道精神培育出来的平民虽然也勇猛无比，但是大部分连枪都不会放，白白增加对方的战绩。另外，日本国内上至天皇，下至普通平民，没有一个人会想到中国军队敢登陆台湾，所以岛内的各城市，根本就没有坚固的工事，有的地方沿用的还是甲午战争之后修建的古董工事，如何能够挡得住火力强大的十九路军。
得到日军舰队开始撤退侨民的情报之后，谢长风立即命令炮兵部队对基隆和高雄进行猛烈炮击，同时步兵轮番出动，不断向市区突进，在驻军和难民中间造成极度的恐慌，于是日本海军的航母编队出动所有轰炸机，轮番攻击十九路军的炮兵阵地和步兵前沿阵地，迟滞对方的攻势。
趁日军的注意力完全放到高雄和基隆两个港口的时候，福建总部把手头上仅有的最后三艘运输舰把五百名兵工技术人员和一批设备抢运到岛上，开始在阿里山地区创建兵工厂。
被戏弄了的日军恼羞成怒，出动数十架轰炸机和鱼雷攻击机，把返航途中的运输舰全部击沉，船上的百余名船员只有十几人生还！
得到运输舰队全军覆没的消息之后，谢长风勃然大怒，随即决定对日军发动一次空前血腥的攻击！
