《修正案》在国民大会与国民大会议政会的关系上，做了非常重要的调整，赋予国民大会六项职权：选举正副总统、立法院正副院长、监察院正副院长、立法委员、监察委员；罢免正副总统、行政、立法、司法、考试、监察各院正副院长、立法委员、监察委员；创制法律；复决法律；修改法律；宪法赋予的其他职权。这些规定，与《五五宪草》没有区别，但是却赋予国民大会议政会相当重要的职权，这些职权一部分为国民大会闭会期间行使的职权，包括：议决戒严案、大赦案、宣战案、媾和案、条约案；复决立法院已经通过的预算案、决算案；得创制立法原则并复决立法院之法律案；受理监察院依法向国民大会提出之弹劾案。另一部分为通常情况下行使的职权，包括：对行政院正副院长、各部部长、各委员会委员长提出不信任案；对国家政策或行政措施，得向总统及各院院长部长及委员会委员长提出质询，并听取报告，以及接受人民请愿、总统交议事项和国民大会委托的其他职权。
《修正案》所规定的国民大会议政会的上述职权极为重要。首先，它把原属国民大会的部分职权移归议政会，这样一来，即使国民大会有名无实，只要议政会不停止运转，人民的权力也能在一定程度上得到保证。其次，它规定议政会要受理监察院的弹劾案、要对政府长官得提出不信任案、要向总统及五院等提出质询。这些关于议政会与五院关系的规定，有利于加强对治权的监督。尤其是对立法院来说，《五五宪草》原规定它有议决法律、预算、戒严、大赦、宣战、媾和、条约等案和其他重要国际事项的权力，而现在则把戒严、大赦、宣战、媾和、条约的议决权移至议政会而不是交给国民大会；立法院虽保留了法律、预算、决算初议权，议政会则握有复决权，实际上是让议政会控制了立法权。再次，对总统权力进行了某种制约。《修正案》将《五五宪草》规定的行政、立法、司法、考试、监察五院为行使上述五种权力的最高机关的条文全部删除，改为总统领导中央政府和五院并对国民大会负责，并赋予议政会若干限制总统的职权，其中包括：凡经国民大会议政会复决通过之法律案，总统必须依法公布；总统虽然有权发布紧急命令，但发布命令后，应当即提交国民大会议政会追认。
《修正案》通过把国民大会的权力委托给议政会，把立法院的部分权力移交议政会这样的手段，使受约束很少的议政会能够以政权名义来牵制治权，而总统和政府的权力也受到不同程度的制约。
1941年3月12日，参政会议首次就《五五宪法草案修正案》举行提案讨论，蒋介石亲自担任会议主席。
会议开始前，包括国民党开明人士在内的各方代表普遍持乐观态度，因为该案制定者不仅理智而公正，且对国家政治建设研究有年，又与国民党有千丝万缕的联系。更重要的，蒋介石召集起草者进行座谈的时候态度十分开明，所以都以为这份决议能够被国民党中枢接受。
然而，事实的发展却出人意料——行政院长孙科首先向大会详细报告了《五五宪草》的起草经过，特别申明完全是按照总理的三民主义和建国大纲来制定的，尽管他承认不应该墨守条文，却声称这部宪草大体可采用，并且具有过渡性和进步性，因而给热心支持《修正案》的参政员们心头蒙上一层阴影。
随后，张君劢代表《修正案》起草委员会成员在会上做了四十分钟的口头说明，特别强调了设立国民大会议政会的必要性，他指出：以两千余人的国大代表行使直接民权绝不是件轻而易举之事，因此常设性的议政会实际上就是经常性的国大。英国上下院议员人数分别为740和615人，美国分别为96与436人，法国分别为314与618人，意大利分别为376与400人，这些国家的议员都没有中国的多，政权行使却能够非常畅顺，足以证明设立议政机关的必要。
在张君劢做报告期间，国民党顽固份子纷纷写条子递上去，表示抗议，其中一位国民党参政员竟然直接从座位上站起来破口大骂，不仅使在野党派和无党派人士寒心，就连旁听席上的国民党开明分子也摇头叹息，表示愤慨。
张君劢的发言结束之后，参政员们围绕国民大会闭会期间是否需要设立常设机构进行发言，国民党参政员和其他各派参政员展开激烈辩论，一时之间，会场上唇枪舌剑，火药味越来越浓。论战的焦点，集中于对权能划分的理解上。国民党方面认为《修正案》赋予议政会的预算、决算、宣战、媾和等权不能算政权，因为这些在总理遗教上是找不到任何根据的。同时指责起草者对《五五宪草》相关条文的删节和修改，都是着眼于国民大会议政会的增设，凡是无碍于议政会职权的都勉强听任存在，与拟增设议政会的精神和作用有所抵触的，就一律删除，完全是立场决定态度，这样先入为主的做法是非常不负责任的表现。《修正案》支持者则一再说明他们根据的也是孙中山遗教，并未反对政权治权分开的原则，但认为议政会的权力属于政权而不属于治权。
最后，国民党参政员提出建议，主张将国民大会的会期改为每年一次，坚决反对设立国民大会议政会，在野党派和无党派人士则力主维持原案。激烈的争吵和辩论持续了整整一天，由于双方各执一辞，始终无法取得一致意见。
这时候，蒋介石一反前几天的温和态度，公开对《修正案》当中限制政府权力的规定表示不满，他铁青着脸说道：“修改宪法，必须适合中国当前的国情，并且与总理的五权宪法相符合，这是必须遵循的两个原则！然而，起草者们显然没有考虑这些，直接照搬欧洲的议会政治模式来制定宪法，完全违背了总理遗训。所谓设立国民大会议政会的提议更是荒唐——现在中国正处于战争状态，前线的形势往往瞬息万变，而议政会却严重束缚政府的行动，必将导致严重的损失。我实在想不通，劳动这么多学者专家，居然制定出这种不能施行的制度，真不知道他们是如何工作的，他们的责任心又在哪里？”
与会者都没有想到蒋介石的态度居然会急转直下，会场顿时陷入短暂的沉寂，秘书长王世杰急忙请蒋以议长身份提议将各种意见并送政府，以缓解现场尴尬的气氛。
眼看着凝聚着参政员们无数心血的《修正案》就要陷入束之高阁的境地，孙百里再也按捺不住心头的怒过，用力一拍着身前的桌子，当参政员们的目光全部被吸引过来之后，他立即长身而起，大声说道：“蒋委员长、秘书长、各位参政员，我想请教诸位一个问题：究竟是国家利益、民族利益重要，还是党派利益重要？”
孙百里没有等待别人给出答案，而是用沉痛的语调继续说道：“自总理创立民国到现在，已经过去了整整三十年，可是国家依然是一片散沙，民众依然生活在贫困之中，造成这种状况的最主要原因之一就是实际控制中国的各方力量之间缺乏信任！尽管如此，当日寇全面入侵之后，大家还是竭尽所能地团结在国民政府的周围，一致对外，进行全民族抗战，之所以出现这样的局面，是因为大家都能够以国家利益和民族利益为重——不管是国民党、共产党、第三党、民主党派、无党派人士，还是像福建、广西、山西等地方实力派，无论大家的政治立场有多么大的差异，但是我们都是中国人，我们深爱着自己的土地和人民，并愿意为之付出生命和鲜血！”
“现在，全国各地、各阶层的代表们不远千里，有的甚至冒着生命危险来到陪都参加参政会议，目的就是想通过这次会议来摒弃己见、消除隔阂，建立一个能够容纳所有爱国者的联合政府，更加紧密地团结协作，共同打击日寇，早日光复国土，解救生活在水深火热中的沦陷区民众！”
“然而，我非常失望地看到，某些人依然把党派的利益置于国家利益之上，继续制造不和谐的声音，把这个实现全民族和解的大会时机白白浪费掉，实在令人痛心疾首！”
孙百里环顾会场，郑重说道：“我代表福建、江西、广东三省参政代表提请大会对《修正案》进行表决，支持我们的请站起来！”
会场上顿时响起暴风雨般的掌声，参政员们一边鼓掌一边站起身来，一个个高大的身影顿时把顽固派全部遮挡住，同时也给呆立在主席台上的蒋介石带来巨大的压力，迫使他示意王世杰统计人数，是否达到法定的比例。
